総合博物館の研究部は、3つの研究系から成り立っています。

資料基礎研究系では、学術標本の基礎研究とともに、学際的な研究利用並びに教育利用に供するための研究を行います。

資料開発研究系では、学術標本を教育・研究の素材として有効活用するための開発研究、並びに標本修復のための研究を行います。

博物館教育・メディア研究系では、博物館と社会との関わり、大学博物館ならではの学生教育のあり方を研究しています。また、映像を活用した高等教育プログラムの開発や映像データのアーカイブズに取り組んでいます。この博物館教育学と博物館映像学の分野の研究は国内では歴史が浅く、本研究系はパイオニア的な存在として注目されています。