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北海道大学には、約400万点の貴重な学術標本があり、その中には約１万３千点のタイプ（模式）標本が含まれています。また、今後において約300万点が総合博物館への移管を予定しています
| 生物分野 |
|
|---|---|
| 地球惑星分野 | 岩石・鉱物・鉱石コレクション 古生物標本コレクション |
| 考古分野 | オホーツク文化関連コレクション |
| 標本庫（国際略称） | 総標本点数（内未整理点数） |
|---|---|
| 陸上植物（SAPS） | 400,000(150,000) |
| 菌類（SAPA） | 170,000 |
| 海藻（SAP） | 140,000 |
| 昆虫（SEHU） | 2,000,000 |
| 魚類（HUMZ） | 190,000 |
| 無脊椎動物（ZIHU） | 2,425 |
| 古生物 | 20,000 |
| 岩石・鉱物 | 71,350(50000) |
| 考古 | 30,000 |
| 計 | 3,023,775 |
タイプ標本
| 標本庫（国際略称） | 総標本点数 |
|---|---|
| 昆虫 | 10,000 |
| 植物 | 323 |
| 無脊椎動物 | 700 |
| 地質(化石・鉱石) | 10 |
| 魚類 | 800 |
| 海藻類 | 350 |
| 古生物 | 700 |
| 計 | 12,883 |
